第三方支付目前应用越来越广泛，因为它比网银等传统支付方式更加便捷。但是在享受这些便利的时候，大家一定不能忽略一些第三方支付存在的风险。
安全技术风险
第三方支付依托于互联网，是通过互联网来输 送数据和服务的，所以隐含着一定的技术风险。技术风险主要包括系统稳定性、系统运行安全保障、硬件系统可靠性、和技术缺陷等等。
第三方支付的便捷性提升了网民使用率和使用体验，但是相对的，就是安全性上的问题，特别是近几年，有关技术性的风险事故发生不在少数。因此，第三方互联网支付机构面临的首要风险就是安全技术风险。
在客户的资金安全、信息安全和信息系统安全方面，互联网企业都面临着较大的法律、声誉和信息管理等方面的问题，而这些风险的暴露，很容易引发社会对于第三方支付的信任危机。另外，技术和数据上的缺陷、信息系统的稳定性、数据处理模型的准确性、数据获取的完备性等等也会制约产品的创新。
流动性风险
流动性风险主要是针对使用第三方支付平台的卖方和平台本身。
对于平台来说，很多产品（例如余额宝）是能够即是转换成现金和银行账户余额的，依靠的是期限错配和流动性错配，一旦发生了突发金融事件引起大量用户集中赎回，将会造成产品被迫卖出所持金融产品来应对巨额赎回的局面，导致流动性风险。
对于商家来说，资金的周转效率往往可以决定一家企业的生死，一旦第三方支付平台无法提供有效的资金安全保障或者延迟付款，部分商家就会出现回收周期货场，资金短缺的问题，影响商家的发展。
政策风险
国家颁发的政策法规对第三方支付平台的发展起着至关重要的作用，相关的政策法规可以规范第三方支付平台的交易体制，同时也会为现有的平台带来一些潜在风险。
从目前颁布的政策法规来看，政府对于第三方支付平台是抱着十分支持的态度的，政策法规主要是为了遏制其野蛮生长，使行业有序发展。
随着竞争的激烈和监管的完善，第三方支付也将会面临进一步改造升级，所以在一定程度上第三方支付行业仍面临着政策风险。而面对政策风险，第三方支付企业唯一的正确选择就是不断提升改造，严格要求自己，使自己符合国家政策的要求，符合行业的有序发展道路。
犯罪风险
与传统的金融机构相比，第三方金融机构的监管是相对薄弱的。一些第三方支付机构在追求利益最大化的同时，风控意识较差。再加上网络交易本身就具有很强的隐蔽性和匿名性，互联网支付机构的介入，也使得传统的资金链完整性破裂，使追查款项源头变得很艰难，这些都可能导致非法资金转移、洗钱等金融犯罪活动的增加。
市场风险
由于当前第三方支付平台较多，市场竞争非常激烈，据统计，市场上的第三方支付类牌照三百多张，其中“预付卡发行与受理”牌照158张，“互联网支付”牌照 110 张。而由此可能导致两方面的市场风险，一个是银行拒绝合作的风险，第三方支付凭条提供的是托管代付的服务，要借助银行技术支持才可以完成，如果银行拒绝合作，将会给第三方机构带来极大损失；另一个就是同业竞争的风险，第三方支付企业的产品和服务类别严重同质化，导致其市场的盈利空间不足，从而给第三方支付企业带来风险。
虽然第三方支付还存在诸多问题，但是通过社会各方的努力，这些风险都是可以逐步降低和杜绝的，而通过时间的洗礼和监管的进一步完善，行业也会更加稳定的发展。
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